Les colons portugais qui exploitent les richesses côtières de l'Amérique du Sud sur la "Terre de Santa Cruz" utilisent des esclaves noirs apportés d'Afrique, notamment des régions du Zaïre, d'Ouganda, de Mozambique et d'Angola. Ces derniers sont victimes de toutes les persécutions que l'on connaît. Pour les maîtres, il était hors de question de laisser les esclaves apprendre à se défendre. C'est dans ce contexte que les esclaves de la région d'Angola ont élaboré les bases de ce qui sera la Capoeira : un apprentissage du combat sous couvert d'une danse rituelle et musicale, doté de valeurs culturelles et morales. Les maîtres, eux, n'y voyaient qu'un amusement sans conséquence. La Capoeira résulte du mélange des différentes cultures artistiques et religieuses africaines réunies de force sur la terre brésilienne. Ainsi, on y retrouve des traces des différents rituels des tribus d'Afrique : les danses et les musiques rythmées, ainsi que le plaisir de se rassembler pour partager avec les autres.
certains esclaves se rebellent et se rassemblent dans des cachettes presque institutionnelles appelées "Quilombos". Le "Quilombo dos Palmares" (réunissant près de 30000 fugitifs) situé vers les terres d'Alagoas est resté le plus célèbre. Ses leaders, le Roi Ganza Zumba et le Général Zumbi, ont beaucoup contribué à la popularité de la Capoeira. La résistance du clan de Zumbi finit par être écrasée comme les autres, par le Capitaine Domingo George Velho, et son chef tué en 1678. Dès lors, la répression est de rigueur à l'encontre de la Capoeira. L'appellation "capoeiragem" apparaît vers 1780 pour décrire les "exercices de lutte et de dextérité corporelle" pratiqués par les gens de couleur, dans la langue de la police de Rio. L'autorité, inquiété par ces pratiques, persécute les adeptes de la Capoeira. L'origine de ce mot, répandu par le bouche à oreille, semble provenir de "Caa-Apuera" terme indien qui signifie "Ile à herbe rasée". Les indiens Guarany pouvaient en effet assister à la Roda des esclaves, qui pour pratiquer leur art à l'abri des regards des maîtres, se réunissaient sur une île à herbe haute qu'ils avaient coupée sur la surface de jeu.
La Capoeira est l'art martial de prédilection de toutes les bandes (ou maltas) qui s'affrontent, intégrant bien souvent les armes blanches dans la lutte. Ces bandes furent souvent utilisées par des seigneurs comme mercenaires pour contraindre des débiteurs. Certaines furent même politiquement impliquées. On enverra d'ailleurs de force de nombreux capoeiristes mourir dans la guerre qui opposa le Brésil et le Paraguay (1865-1870), sous le règne de l'Empereur Pierre II. Tout cela contribua à donner une bien mauvaise image à la Capoeira à l'époque. 1888 est l'année de l'abolition de l'esclavage par la Princesse Isabel du Portugal et la loi "Aurea" (13 mai). Le Brésil se proclame République en 1890. Mais la répression envers les pratiquants de la Capoeira n'en est pas moins forte (une loi de 1887 l'interdit), au contraire toutes les pratiques et traditions à connotation africaine sont combattues, particulièrement par le Maréchal Deodoro Da Fonseca. Ce sont donc des centaines de personnes qui sont envoyées au bagne. C'est pourtant vers cette époque qu'apparaissent les premiers instruments liés à la Capoeira, qui permettaient, lorsque les patrouilles de police arrivaient, de transformer le jeu en spectacle théâtral. Une certaine élite culturelle dont fait partie le Président Getulio Vargas pense cependant que la capoeira, art de lutte unique en son genre, représente une certaine identité culturelle du Brésil face au reste du monde et réclame donc sa reconnaissance en tant que tel. Mais il faudra attendre encore quelques années pour que la Capoeira, crainte et repoussée par la bourgeoisie brésilienne, soit admise, à la condition cependant, d'être pratiquée dans des lieux fermés.
C'est en 1932 que Mestre Bimba crée son académie de Capoeira à Salvador, la capitale de l'Etat de Bahia, où la Capoeira a bien sûr résisté à l'oppression, et fait connaître avec elle un nouveau style de Capoeira. Il s'agit d'une Capoeira plus aérienne qui emprunte quelques techniques d'autres arts martiaux asiatiques ou occidentaux : la Capoeira Régionale. La Capoeira de style traditionnelle garde ses adeptes, dans ses rang on retrouve Mestre Pastinha qui ouvre lui aussi son académie en 1941. La Capoeira connaît son véritable essor dans les années cinquante et soixante. Les premiers championnats ont lieu dans les années soixante-dix. La Capoeira Régionale comme la Capoeira Angola vont s'étendre sur tout le pays brésilien et s'introduire dans toutes les couches de la population brésilienne, puis s'exporter, aux Etats-Unis d'abord, puis en Europe. Elle caractérise aujourd'hui, avec le football et la samba, le Brésil d'un point de vue culturel et sportif.
La Capoeira, qu'elle soit Angola ou Régionale, est pratiquée dans 175 pays. Elle est enseignée aussi bien dans les écoles de danse et de théâtre que dans les universités et les écoles militaires.